In linea con i Setttori Scientifici identificati dall'European Research Council, il SEII intende operare su tre macro aree di ricerca, suddivise in specifiche sezioni (attive e da attivare). L'attivazione delle sezioni avviene in seguito alla valutazione dei curriculum e dei progetti scientifici di eccellenza individuati dal Centro o ad esso proposti, mediante candidatura spontanea. 

Di seguito si elencano le sezioni di ricerca delle marco aree oggi attive: 

 
SH - Social Sciences and Humanities
Sezioni:
Economia, Mercati e Istituzioni


PE - Mathematics, physical sciences, information and communication, engineering, universe and earth sciences
Sezioni:
Ingegneria Nucleare, Spaziale ed Energetica


LS - Life Sciences